Удаление файлов конфигурации от удаленных ранее пакетов

Посмотреть список пакетов, которые были удалены, но файлы конфигураций остались, можно с помощью
# dpkg -l | grep '^rc'

а удалить их:
# dpkg -P имя_пакета

или для большого количества:
# dpkg -l | awk '/^rc/{print $2}' | xargs dpkg -P