vim: избавляемся от dos-овых концов строк (\r\n -> \n)

Если vim распознал dos-овые концы строк, и не показывает ^M,
:set ff=unix
:w

Если vim автоматически не распознал DOS line ends, то в конце строк будут символы ^M. Удалить их можно простой заменой:
:%s/^M//g

Символ ^M при этом вводится как Ctrl-V Ctrl-M.